I. ოპერატიული დირექტორატი - უზრუნველყოფს, სამსახურის უფროსის მიერ დამტკიცებული სადაზვერვო გეგმის შესაბამისად, სადაზვერვო ინფორმაციის მოპოვებას, ასევე ახორციელებს საგარეო კონტრდაზვერვით საქმიანობას;

II. ანალიტიკური დირექტორატი - ახორციელებს სადაზვერვო ინფორმაციის მოპოვებას ღია წყაროებიდან, სამსახურის მიერ მოპოვებული და სამსახურში შესული სადაზვერვო ინფორმაციის დამუშავებას, დაგროვებასა და ანალიზს, მონაწილეობს ოპერატიული ღონისძიებების უზრუნველყოფაში;

III. უსაფრთხოების დირექტორატი − უზრუნველყოფს სამსახურის საკუთარ უსაფრთხოებას, ახორციელებს სამსახურის სტრუქტურული ქვედანაყოფების საქმიანობის ინსპექტირებას და ახორციელებს ოპერატიულ საქმიანობას;

IV. ადმინისტრაციული დირექტორატი − ახორციელებს სამსახურის საკადრო, სამართლებრივ, საფინანსო-სამეურნეო, მატერიალურ უზრუნველყოფას, საიდუმლო და არასაიდუმლო საქმისწარმოებას, საპროტოკოლო ღონისძიებებს, სამსახურის საზოგადოებასთან და მასობრივი ინფორმაციის საშუალებებთან ურთიერთობის კოორდინაციას, უზრუნველყოფს ოპერატიულ აღრიცხვასა და საარქივო წარმოებას, მონაწილეობს ოპერატიული ღონისძიებების უზრუნველყოფაში;

V. სპეციალური მომზადებისა და გადამზადების ცენტრი (დირექტორატი) – ახორციელებს სამსახურის, სხვა სახელმწიფო უწყებების მოსამსახურეთა სპეციალურ მომზადებასა და გადამზადებას, სამეცნიერო-კვლევით საქმიანობას და მონაწილეობს ოპერატიული ღონისძიებების უზრუნველყოფაში;

VI. ტექნიკური დაზვერვის დირექტორატი – უზრუნველყოფს სადაზვერვო ინფორმაციის მოპოვებას ოპერატიულ-ტექნიკური საშუალებების გამოყენებით, შეიმუშავებს და ახორციელებს ტექნიკური უსაფრთხოების ღონისძიებებს, როგორც სამსახურში, ასევე საქართველოს ფარგლებს გარეთ მყოფ საქართველოს დიპლომატიურ და სხვა დაწესებულებებში, მონაწილეობს ოპერატიული ღონისძიებების უზრუნველყოფაში.